En la zona urbana de la localidad existen varias quebradas, las cuales no están canalizadas y llevan en su cauce desechos del alcantarillado, los cuales desembocan en el río Tejuelo. La principal quebrada de esta zona es la Yomasa, que colinda con las Avenidas Boyacá y Caracas. De igual manera, se resaltan las quebradas Fucha, Chuniza, y Santa Librada.
De igual manera, a pocos metros de la Troncal Caracas de TransMilenio, en la localidad de Tunjuelito, se ubica la zona de canteras, la cual ha ocasionado diversas inundaciones en el sur de la ciudad durante la temporada invernal. Para evitar ello, en la localidad de Usme se construyó la presa de Cantarrana.
